La bandiera siciliana fu adottata ufficialmente con la legge regionale n. 1 del 4 gennaio 2000, precedentemente i simboli ufficiali della Sicilia erano stemma e gonfalone, adottati con la legge regionale n. 12 del 28 luglio 1990. Le origini storiche della bandiera risalgono al XIII secolo. Il vessillo venne utilizzato nella rivolta antifrancese del Vespro Siciliano, scoppiato a Palermo il 30 Marzo 1282. Un momento di rilevanza simbolica della Triscele nella storia della Sicilia si è avuta il 30 agosto 1302 con la costituzione dell'isola in Regno di Trinacria a seguito della pace di Caltabellotta, alla conclusione della guerra del Vespro.
La bandiera ufficiale è un drappo bicolore giallorosso con al centro il vecchio simbolo triscelico della Trinacria, esprime diagonalmente il giallo della bandiera civica di Palermo e il rosso della bandiera civica di Corleone, che fu il primo comune siciliano a seguire l'esempio di Palermo nella rivolta contro gli Angioini.
La bandiera al centro riproduce lo stemma della Regione siciliana composto dall'unione di due diversi simboli, la Triscele e il Gorgoneion.
La Triscele, conosciuta comunemente anche come Trinacria o Triquetrasi presenta come la raffigurazione di un essere mitologico con tre gambe. Le sue origini risalgono alla notte dei tempi e sono avvolte nel mistero. Secondo i ricercatori storici si tratta di un simbolo di origine indo-aria che raffigurava il dio del sole nella sua triplice forma di primavera, estate e inverno etrova corrispondenti rappresentazioni in altre antiche civiltà nordeuropee, mesopotamiche e centro-americane.
Il ritrovamento di una Triscele nell'Agrigentino, a Palma di Montechiaro, accredita l'ipotesi dell'origine minoica dei primi esempi di civilizzazione sull'Isola in coerenza con quanto raccontato da Omero, cioè che Minosse, partito da Cnosso all'inseguimento di Dedalo, sbarcò in Sicilia. Comunque è storicamente accertato che l'essere con tre gambe apparve in un periodo antecedente alla colonizzazione greca dell'isola, ma furono i Greci i primi achiamarla Trinakìa (mutato nel tempo in Trinacria), dalla parola greca: trinacrios, che significa treis (tre) e àkra (promontori), da cui anche il latino trìquetra (a tre vertici). Le tre gambe rappresentano, infatti, i tre promontori, punti estremi dell'isola: capo Peloro, o punta del Faro a Messina, capo Passero a Siracusa, capo Lilibeo, o capo Boeo, a Marsala. La Triscele, in seguito, fu adottato dai greci come simbolo della Trinacria, che è rimasto un sinonimo per Sicilia. Il simbolo della Trinacria perdette in seguito il suo originario valore solare e ne acquistò uno sacrale in Sicilia, dato il suo valore apotropaico che lo trasformò in una sorta di talismano. I normanni, arrivati in Sicilia nel 1072, esportarono la Trinacria nell'isola di Man, che la scelse come simbolo in sostituzione di quello precedente (un vascello) di origine scandinava.
Il Gorgoneion,posto al centro della Triscele è la testa della Gorgone, chiamata anche Medusa,i cui capelli sono serpenti intrecciati con spighe di grano, dalla quale si irradiano le tre gambe piegate all'altezza del ginocchio. Le Gorgoni, secondo la mitologia greca, Erano tre sorelle, Steno, Euriale e Medusa. Di aspetto mostruoso, avevano ali d'oro, mani con artigli di bronzo, zanne di cinghiale e serpenti al posto dei capelli e chiunque le guardasse direttamente negli occhi rimaneva pietrificato. La Gorgone per antonomasia era Medusa, unica mortale fra le tre e loro regina, nonché la custode degli Inferi. Le Gorgoni rappresentavano la perversione nelle sue tre forme: Euriale rappresentava la perversione sessuale, Steno la perversione morale e Medusa la perversione intellettuale. Un'altra versione della testa è quella di una donna, forse di una dea, in taluni casi raffigurata con le ali per indicare l'eterno trascorrere del tempo, contornata da serpenti per indicare la saggezza. I serpentiin seguito furono sostituiti da spighe di frumento dai Romani per significare la fertilità della terra dell'Isola e simboleggiare il suo status di "granaio" di Roma.
La legge stabilisce che la bandiera siciliana sia esposta all'esterno di Palazzo dei Normanni, sede dell'Assemblea regionale siciliana, di Palazzo Orleans, che ospita la presidenza della Regione, e in tutti i consigli provinciali e comunali, nelle sedi degli istituti scolastici di ogni ordine e grado, nelle strutture in cui sono costituiti seggi elettorali in occasione delle elezioni per il rinnovo del Parlamento siciliano.