- U.O. Staff 01 - Segreteria, supporto al Dirigente Generale e valutazione
- U.O. Staff 02 - Ufficio unico irrogazione sanzioni e gestione denunce OLAF pregresse
- Area 1 - Affari generali bilancio e URP
- Area 2 - Programmazione
- Area 3 - Coordinamento e gestione generale programmi - Agrobiodiversità e cooperazione
- Area 4 - Controlli dei programmi
- Area 5 - Sistema informativo agricolo nazionale (SIAN) e organismo pagatore (AGEA)
- Area 6 - Pianificazione strategica delle risorse umane - Legalità e trasparenza
- Servizio 1 - Agroecologia e agricoltura biologica
- Servizio 2 - Investimenti in agricoltura
- Servizio 3 - Multifunzionalità e diversificazione in agricoltura
- Servizio 4 - Servizio Fitosanitario Regionale e lotta all'agropirateria
- Servizio 5 - Qualità e marketing brand Sicilia
- Servizio 6 - Indirizzo strategico, vigilanza e controllo degli enti - Reti irrigue
- Servizio 7 - Ispettorato Provinciale dell'Agricoltura di Agrigento
- Servizio 8 - Ispettorato Provinciale dell'Agricoltura di Caltanissetta
- Servizio 9 - Ispettorato Provinciale dell'Agricoltura di Catania
- Servizio 10 - Ispettorato Provinciale dell'Agricoltura di Enna
- Servizio 11 - Ispettorato Provinciale dell'Agricoltura di Messina
- Servizio 12 - Ispettorato Provinciale dell'Agricoltura di Palermo
- Servizio 13 - Ispettorato Provinciale dell'Agricoltura di Ragusa
- Servizio 14 - Ispettorato Provinciale dell'Agricoltura di Siracusa
- Servizio 15 - Ispettorato Provinciale dell'Agricoltura di Trapani